肛周脓肿是因为细菌感染后化脓形成的，主要原因有以下三个方面：
1、肛门腺感染。肛门腺开口于肛管直肠交界处的肛窦内，肛窦呈漏斗状向上开口，易损伤及细菌的侵入而引起感染。肛窦一旦感染后，会引起感染化脓，炎症向肛周的间隙内扩散，因为肛周间隙抵御细菌感染的能力差，感染易于在这些间隙中扩散，形成不同部位的脓肿。
2、全身抵抗力减弱。如糖尿病、年老体弱、过度疲劳、以及结核患者和艾滋病患者的抵抗力下降，容易发生肛周脓肿，直肠癌患者也可发生肛周脓肿。
3、肛门局部刺激和损伤。如经常吃辣椒、饮酒等刺激性饮食会导致肛管直肠局部充血、抵抗力下降而诱发感染。另外，干硬的粪块擦伤肛管皮肤黏膜，腹泻患者的稀粪落在肛窦内导致肛门腺阻塞，以及肛门直肠外伤或随饮食咽下的鸡、鸭、鱼骨刺伤肛管直肠等，都可以导致肛门直肠周围发生感染而发展成为肛周脓肿。
