肛门直肠周围脓肿是引起肛瘘的根本原因。脓肿破溃或切开后不能愈合，最终形成瘘管，其主要原因：
1.肛门直肠周围脓肿破溃或切开多在肛门外，脓液从外口流出，但原发感染多在肛窦。肛窦则是继发感染的门户，反复感染，形成瘘道。
2. 肛门静脉回流不畅，局部经常淤血，组织营养不良，影响愈合。
3. 瘘道多在肛门括约肌之间通过，由于括约肌经常不断地收缩与舒张，压迫瘘道，影响脓液的排除，容易贮脓感染而难以愈合。
4. 直肠内有一定的压力，将直肠感染物质如粪便，气体，可经常不断地从内口进入瘘道，刺激腔壁，继发感染后由外口排出，也是造成瘘道的原因。
5.瘘道弯曲，或有窦，分支，引流不通畅，脓液潴留，反复感染，造成瘘道不易愈合。
6. 肛门直肠周围脓肿破溃后，脓液排出，脓腔逐渐缩小，外部破溃口和切口也缩小，腔壁形成结缔组织增生的坚硬管道壁，因而不能自然闭合。
7.结核杆菌，放线菌等感染所形成的脓肿，克隆氏病等难以自愈而形成特殊性肛瘘。
