肛瘘临床上主要表现在排脓，疼痛，瘙痒，硬结或癒痕。肛瘘具有一定的危害性，严重影响肛门以至全身的功能。
1、排脓：是主要的肛瘘的临床表现。一般来说，新生成的瘘管排脓较多，脓汁粘稠，黄色、味臭;瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水;若脓量增加，则表示新瘘管生成。瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升，以后封闭的瘘口破溃，又排出脓液，也可从瘘口排出气体或粪便。
2、疼痛：瘘管通畅无炎症时，一般无疼痛，只有肛门局部略有肿胀感，行走时可加重，若外口封闭，瘘管存积脓液，或粪便进入瘘管，则会疼痛加重或排粪时疼痛加重，而内盲瘘则常感直肠下部和肛门部灼热不适，排粪时疼痛加重。
3、瘙痒：肛门部皮肤由于脓液及其他排出物刺激，常感觉到皮肤的瘙痒。
4、硬结或瘢痕：由于瘘管壁及瘘口的反复刺激，使纤维组织增生，在管壁和瘘口形成质韧的结缔组织，常表现为瘘管周围皮肤变色，表皮脱落，凹陷变形，触及条索状硬结通向肛门内。
除此之外，肛瘘的临床表现从全身症状来说，大部分病人并不存在全身性的症状。但是，当瘘管侵犯范围较大、较深或支管较多时，反复的炎症感染，会导致消瘦、贫血、便秘、排便困难等现象。所以，如果有类似症状要及时诊断，防止其它疾病的发生。
