一般认为肛瘘是肛门直肠周围脓肿的后遗症。而肛门直肠周围脓肿95%是因肛门腺感染引起，大致引起的原因有以下几种：
肛门周围脓肿：主要因污染粪便滞留肛隐窝，引起肛腺炎，导致肛门周围脓肿，是肛瘘形成的主要原因。
直肠肛门损伤：外伤、来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛门周围脓肿。
会阴部手术：内痔注射过深或手术后感染，产后会阴缝合后感染，前列腺、尿道手术后感染等，均可波及肛门直肠引起脓肿及瘘。
结核：吞咽细菌或少数血行感染，均可引起结核性肛瘘。
溃疡性大肠炎：可引起肛瘘。
克隆氏病：可伴有肛瘘。
直肠肛管癌：常伴发肛瘘。
血行感染：如糖尿病、白血病、再生障碍性贫血等，因机体抵抗力下降，常可血行感染引起肛瘘。
其他：淋巴肉芽肿，放线菌病，尾骶骨骨髓炎，直肠、乙状结肠憩室炎等也可引起肛门周围脓肿、肛瘘。
温馨提示：安氏疗法
安氏疗法在痔疮、肛瘘、肛周脓肿等多个疾病的诊治水平处于国内外领先水平，尤其是对环状混合痔、嵌顿痔、高位肛周脓肿、复杂和高位肛瘘、直肠脱垂的研究与治疗取得突破性进展。
“安氏疗法”是中山华都肛肠医院引进的治疗多种肛肠疾病的新方法。此疗法手术时间短、微创、出血少、无痛苦、疗程短、恢复快、不易复发，从而改写了肛肠医学的历史，得到了国内外同行的公认和赞誉。安氏疗法在痔疮、肛瘘、肛周脓肿等多个肛肠疾病的诊治水平处于国内外领先水平，尤其是对环状混合痔、嵌顿痔、高位肛周脓肿、复杂和高位肛瘘、直肠脱垂的研究与治疗取得突破性进展。
