从临床上来看，如果短期少量的用了抗生素，可能不会引起太大的妨碍，如果时间长剂量大，抗生素的疗效就会逐步下降，使包括腹泻在内的多种疾病的治疗变得困难。特别需要注意的是，广谱抗生素的使用还产生了破坏患者肠道正常菌群的作用，容易继发菌群失调症、二重感染，给患者遗留难以恢复的后患。中山华都肛肠医院专家举例说，本来自限性的腹泻就快好了，结果由于使用抗生素，杀死了有益的细菌又引起肠炎，就会造成二重感染，其中最典型的就是伪膜性肠炎，其就是在使用抗生素期间或停用抗生素后短期内，特别是在应用林可霉素、氯林可霉素后，突然出现无细胞的黏液腹泻。
对于饮食不当、消化不良、过敏刺激、气候突变等原因引起非细菌性腹泻使用抗生素治疗是没有任何效果的，由大肠杆菌引起的感染性腹泻，使用后会刺激细菌释放毒素，可能出现高热、腹痛、剧烈呕吐等症状。同时，它会影响肠道的吸收功能，存在明显的副作用和使用禁忌。因此，在治疗时不应随意服用抗生素。
另外，比较常见的秋季腹泻也不需使用抗生素，它是由轮状病毒引起的，是一种自限性疾病，一般病程是5～7天，轮状病毒拉完了会自然痊愈，一般不需治疗。但遗憾的是，由于秋季腹泻患者大多是小孩，家长或医生治病心切，导致目前医院该病治疗中抗生素使用率高达50%～80%，事实上，用抗生素对孩子只有害没有利， 会使腹泻病迁延或加重。
